كانت الخبراء تسمى في العصر الجاهلي بخبراء السدر، نظرا لنمو أشجار السدر بها، وقد أختلف المؤرخون والباحثون حول السنة التي بدأت فيها عمارة القرية، فأقدم الدلائل تشير إلي أنها أقيمت عام 995 للهجرة، ورأي يحدد عام 1115ه، وآخر يذكر أن عمارتها بدأت في عام 1140 هـ.

وتؤكد جميع المصادر التاريخية على أن عمارة القرية كان بأيدي قبيلة العفالق القحطانية، وهي قبيلة كانت تقطن بالبويطن في مدينة عنيزة، فحدثت بينها وبين باقي قبائل عنيزة فتن فأثرت الارتحال إلى الخبراء.

وقد وُصفت القرية بأنها حصن حصين ضد الغزوات والحملات العسكرية العثمانية، وصمدت في وجه حملات عبد العزيز ابن رشيد أمير حائل إبان حروبه مع الملك عبد العزيز آل سعود.

وقد حاصر ابن رشيد القرية لمدة أربعة أشهر، وكان العفالق يدينون بالولاء للدولة السعودية، وصمدوا في وجه الحصار حتى تمكن ابن رشيد من دخول حصون العفالق فعاقبهم بتحريق نخيلهم وممتلكاتهم الزراعية، وعقب انتصار الملك عبد العزيز على ابن رشيد ارتحل عدد من سكان القرية إلى الغرب لينشئوا حواضر اخرى مثل رياض الخبراء والسحابين والبدائع

وعقب توحيد المملكة العربية السعودية ارتحل أكثر سكان القرية إلى مناطق ومدن أخرى خارج نطاق القرية للعمل والاستثمار في العقارات، وظلت فئة قليلة من سكان القرية فيها حتى حدث عام 1402هـ سيل أغرق القرية فخرج منها آخر من سكن فيها إلى مخطط جديد غرب القرية القديمة وأصبحت ملكاً عاماً بعد تعويض الأهالي عن أملاكهم.